性別主流化，是指在所有政策的研擬過程中加入性別的觀點，使得因性別所具備的特殊性、興趣與價值都能被整合進校園中的各項政策、制度及措施。
性別意識培力
線上課程及相關培訓
為使本校學生具備性別平等之觀念，厚植並營造性別友善之校園環境，促進性別地位之實質平等，依據本校性別平等教育線上課程實施要點，學生於111學年度起均須完成線上之性平課程方能畢業。此外，為了提升教職員性平意識，以利校務發展、政策推動，並促進渠等工作適應，在各職前訓練課程及培訓中均有性別平等之教育宣導。本校已於112年度規劃「新進人員培訓」，後續在113年度正式執行新進職員學習地圖、新進教師培訓地圖。未來計畫在113年度規劃「年度在職訓練」，114年度執行教職員年度在職訓練、主管職務培訓。
辦理性別平等教育相關講座及宣導
有鑑於師生性別事件通報數量提高，本校針對新進教師都有辦理實體的性平研習課程。而從過往的校園性別事件統計中，不當追求及親密關係處理不當之案例攀升，對此本校開設通識及性平相關課程，並辦理相關演講，期待能形塑性別友善之校園。
校內性別主流化機制及流程
校園安全
本校推行性別主流化計畫，將性別意識培力成果應用到人事政策與校園設施，推動單位主要為本校性平會，其分設四小組如下，
- 活動組（學務處）：課程設置及活動設計，應鼓勵學生發揮潛能，不得因性別而有差別待遇，同時鼓勵相關系所廣開性別研究相關課程，發展符合性別平等之課程規劃與評量方式。
- 教學組（教務處）：教師使用教材及從事教育活動時，應具備性別平等意識，破除性別刻板印象，避免性別偏見及性別歧視。教師並應鼓勵學生修習非傳統性別之學科領域。
- 空間組（總務處）：提供性別平等之學習環境，尊重及考量教職員工生之不同性別、性別特質、性別認同或性傾向，並建立安全之校園空間。
- 防治組（健康心理中心）：依法協助處理性別事件申訴案件，防治組召集人得指定或輪派委員組成三人以上之小組決定是否受理；認定應受理時，應決定是否成立調查小組進行調查。若決定成立調查小組時，一併授權決定調查委員之名單。
推動性別主流化小組成員由校長、主任秘書、學務長、教務長、總務長、健康心理中心主任擔任當然委員，另包括學術單位主管一名、教師代表五至九名、職工代表二名、學生代表三名等共同組成；其中女性成員應占委員總數二分之一以上。性平會委員涵蓋範圍廣且可加強行政單位參與度並統整學校各單位相關資源，落實並檢視其實施成果。
性別友善廁所
根據陽明交大性別事件調查案統計，111年1月至12月該校受理性平案件共13件，其中廁所偷拍案為1件；112年1月至12月共受理22件調查案，其中有關廁所偷拍之竊視竊錄案為7件。因此，有鑒於陽明交大校園性平事件案例中，有相當比例涉及廁所及浴室偷拍事件，為促進校園安全，陽明交大在後續規劃廁所及浴室之整建與管理時，會在廁所隔板、門縫硬體上確保隔間的隱蔽性，並加強獨立照明及設置求助鈴、於浴廁外公共空間加裝監視器，並定期檢測確保功能正常。